Sredstva za subvencionirano šolo v naravi letno zagotavlja Ministrstvo za izobraževanje, znanost in šport iz državnega proračuna v skladu z določili Pravilnika o financiranju šole v naravi za poletno oz. zimsko šolo v naravi.
Sredstva za subvencioniranje šole v naravi, za katere Ministrstvo za izobraževanje, znanost in šport ne zagotavlja sredstev, dodeli šola iz temu namenjenih sredstev Šolskega sklada. 

O višini subvencije odloča tričlanska komisija na podlagi vloge s priloženimi dokazili, ki jo vložijo starši ali zakoniti zastopniki otroka. Komisijo sestavljajo šolska pedagoginja, računovodski delavec šole in razrednik.

Več si lahko preberete v Pravilniku o subvencioniranju šole v naravi.